Как умер Анали? Точнее от чего? Я так понял, он умер сразу после передачи воспоминаний, которые были у него, Ла. Прямо в церкви. Если от старости... то почему именно в этот момент? Есть идеи?

Ну по-моему как раз тут все довольно ясно: Анали умер от умственного истощения, ведь он многие годы нес в себе воспоминания тысяч, если не миллионов людей, вообще чудо что он столько продержался. Когда Ла забрала их себе, Анали смог умереть в покое, с умиротворением на лице.
(Кстати его имя тоже говорящее, не помню оставил ли это в игре. Анали - это сокращение от анализатор или мыслящий, т.е первый ребенок-Омега осознавший себя как личность.)

  

По твоему объяснению, выходит, что Ла тоже недолго протянет. Жалко Ла. Хотя у них с Чернооком вообще союз довольно шаткий, неизвестно, сколько он продержится.